Οι φοιτητές, με το πέρας των παραδόσεων και εργαστηριακών ασκήσεων, να είναι σε θέση να αναγνωρίζουν τα ιδιαίτερα οικολογικά χαρακτηριστικά κάθε διαφορετικού τύπου υδάτινου οικοσυστήματος, και να αποκτήσουν το θεωρητικό και πρακτικό υπόβαθρο ώστε να έχουν την δυνατότητα να διερευνήσουν την λειτουργία των οικοσυστημάτων αυτών.

Η εκπαίδευση των φοιτητών του Τμήματος στο αντικείμενο της Οικολογίας των Επιφανειακών Υδάτων της ενδοχώρας και των ακτών (Λίμνες, Ρέοντα ύδατα και Λιμνοθάλασσες).

1. Εισαγωγή, 2. Το Νερό ως Ουσία: Τα χαρακτηριστικά του Ύδατος, 3. Ποταμοί και Λίμνες: Κατανομή–Προέλευση–Μορφές, 4. Οικονομία του Ύδατος: Υδρολογικός κύκλος. Παγκόσμια Ισορροπία Ύδατος, 5. Το Φως στα Ύδατα της Ενδοχώρας, 6. Η Τύχη της Θερμότητας, 7. Υδατικές Κινήσεις, 8. Δομή και Παραγωγικότητα Υδατικών Οικοσυστημάτων, 9. Οξυγόνο, 10. Αλατότητα των Υδάτων της Ενδοχώρας, 11. Το Σύμπλεγμα Ανόργανου Άνθρακα, 12. Ο Κύκλος του Αζώτου, 13. Ο Κύκλος του Φωσφόρου, 14. Κύκλοι Σιδήρου, Θείου και Πυριτίου, 15. Πλαγκτικές Κοινωνίες: Φύκη και Κυανοβακτήρια, 16. Ζωοπλαγκτόν και Αλληλεπιδράσεις με την Ιχθυοπανίδα, 17. Βακτηριοπλαγκτόν, 18. Διαφάσεις Ξηράς–Ύδατος: Ανώτερα Φυτά, 19. Διάφαση Χέρσου – Ύδατος: Προσφυόμενοι Μικροοργανισμοί, Παράλια Φύκη και Ζωοπλαγκτόν, 20. Αβαθείς Λίμνες και Λιμνίσκοι, 21. Ιζήματα και Μικροχλωρίδα, 22. Βενθικά Ζώα και Κοινωνίες Ιχθύων, 23. Θρύμματα: Ανακύκληση Οργανικού Άνθρακα και Μεταβολισμός του Οικοσυστήματος, 24. Παρελθούσα Παραγωγικότητα: Παλαιολιμνολογία, 25. Οντογένεση Υδατικών Οικοσυστημάτων της Ενδοχώρας, 26. Ύδατα Ενδοχώρας: η Κατανόησή τους είναι Ουσιώδης για το Μέλλον.

1. Μορφομετρία επιφανειακών υδάτων. Λεκάνες απορροής. Επιλογή σταθμών και μεθόδων δειγματοληψίας. 2. Συλλογή πλαγκτού και περιφύτου σε λίμνες και ρέοντα ύδατα. Χρήση υδροβιολογικών οργάνων in situ. 3. Μέθοδοι προσδιορισμού της παραγωγικότητας των επιφανειακών υδάτων. 4. Προσδιορισμός των κυριοτέρων φυσικών και χημικών παραμέτρων (κατανομές θερμοκρασίας, οξυγόνου, φωτός, pH, αλκαλικότητας, κ.ά.). 5. Προσδιορισμός συγκεντρώσεων των κυριοτέρων ιόντων (P-PO₄, N-NO₃, N-NO₂, N-NH₃, Si-SiO₂ κ.ά.) και η βιολογική σημασία τους. 6. Ποιοτική ανάλυση πλαγκτού στο οπτικό και ηλεκτρονικό μικροσκόπιο. 7. Ποσοτική ανάλυση πλαγκτού (μέθοδοι Utermöhl, Willen κ.ά). 8. Προσδιορισμός βιομάζας φυτοπλαγκτού. Μέθοδος εκχύλισης χρωστικών. 9. Ποιοτική και ποσοτική ανάλυση περιφύτου (δείκτες ποικιλότητας, ομοιότητας, ισοκατανομής κ.ά.). 10. Τα ανώτερα φυτά της παράλιας ζώνης. 11. Βιολογικές μέθοδοι εκτίμησης της ποιότητας των υδάτων (σαπρόβια συστήματα, βιοδείκτες, κ.ά.). 12. Τα ασπόνδυλα της παράλιας ζώνης και η χρήση τους ως βιοδείκτες. 13. Μέθοδοι προσδιορισμού των BOD, COD και TOC στα ύδατα της ενδοχώρας και σε υγρά απόβλητα.

Δεν υπάρχουν προαπαιτούμενα μαθήματα προκειμένου ο/η φοιτητής/τρια να επιλέξει και να παρακολουθήσει το μάθημα. Ωστόσο, για την καλύτερη παρακολούθηση και κατανόηση του μαθήματος απαιτούνται καλές γνώσεις των φοιτητών/τριών σε βασικά μαθήματα του Τμήματος που σχετίζονται με το αντικείμενο του μαθήματος, όπως Γενική Οικολογία και Οικολογία Πληθυσμών. Κατ' αυτό τον τρόπο οι φοιτητές/τριες θα είναι σε θέση να αναγνωρίζουν τα ιδιαίτερα οικολογικά χαρακτηριστικά κάθε διαφορετικού τύπου υδάτινου οικοσυστήματος, και να αποκτήσουν το θεωρητικό και πρακτικό υπόβαθρο ώστε να έχουν την δυνατότητα να διερευνήσουν την λειτουργία των οικοσυστημάτων αυτών.

Η διαδικασία αξιολόγησης των φοιτητών/τριών γίνεται στην ελληνική γλώσσα (υπάρχει η δυνατότητα εξέτασης στην αγγλική για τους φοιτητές του Erasmus), με τελική εξέταση στο σύνολο της ύλης και περιλαμβάνει: Α. Γραπτή Εξέταση του Εργαστηρίου με: α) Ερωτήσεις σύντομης ανάπτυξης για την αξιολόγηση της κριτικής σκέψης των φοιτητών/τριών στις μεθοδολογίες και πρακτικές που ασκήθηκαν, β) Προβλήματα για την αξιολόγηση των δεξιοτήτων τους στην ανάλυση και σύνθεση δεδομένων και πληροφοριών και γ) Ασκήσεις για την αξιολόγηση των ικανοτήτων τους στην επαγωγική σκέψη και την εφαρμογή των γνώσεων που αποκτήθηκαν για την επίλυση ερευνητικών προβλημάτων. Β. Γραπτή εξέταση του μαθήματος με ερωτήσεις διαβαθμισμένης δυσκολίας που περιλαμβάνει: α) Ερωτήσεις πολλαπλής επιλογής, β) Ερωτήσεις σύντομης θεωρητικής ανάπτυξης και γ) Προβλήματα ή/και ασκήσεις βασισμένα στις θεωρητικές γνώσεις που αναπτύχθηκαν στις παραδόσεις. Γ. Ατομικές Εργασίες στο πλαίσιο κάθε εργαστηριακής άσκησης. 

Ο τελικός βαθμός του μαθήματος προκύπτει από γραπτές εξετάσεις στην ύλη του μαθήματος (60%) και την επίδοση στις εργαστηριακές ασκήσεις (40%). Ο βαθμός εργαστηρίου προκύπτει από γραπτές εξετάσεις (30%) και υποβολή εργασίας (70%) με τα αποτελέσματα των υποχρεωτικών ασκήσεων πεδίου και εργαστηρίου.