Η μοριακή οικολογία προκύπτει από τη σύνθεση στοιχείων πολλών διαφορετικών επιστημονικών πεδίων όπως η οικολογία, η εξέλιξη, η μοριακή βιολογία, η γενετική και η βιολογία της συμπεριφοράς. Πρωταρχικός σκοπός του μαθήματος είναι η εισαγωγή στις αρχές της μοριακής οικολογίας και η εξοικείωση με τους μοριακούς δείκτες και τα πρωτόκολλα παραγωγής μοριακών δεδομένων και μοριακών δεικτών. Εν συνεχεία, το μάθημα εισαγάγει τους φοιτητές στις αναλύσεις και στα υπολογιστικά εργαλεία που χρησιμοποιούνται κατά την προσέγγιση και ανάλυση γενετικών/γενωμικών δεδομένων με στόχο τη διερεύνηση ερωτημάτων σχετιζόμενων με την οικολογία, τη βιογεωγραφία, την ποικιλότητα και τη συμπεριφορά των οργανισμών.

Δια μέσου των διαλέξεων του μαθήματος επιδιώκεται η γνωριμία των εκπαιδευόμενων με το αντικείμενο της μοριακής οικολογίας και τις εφαρμογές της. Μετά την ολοκλήρωση του μαθήματος οι εκπαιδευόμενοι θα πρέπει να είναι σε θέση να επιλέξουν τον ή τους κατάλληλους μοριακούς δείκτες και την μεθοδολογία που θα ακολουθηθεί προκειμένου να διερευνήσουν το οικολογικό ερώτημα που τέθηκε. Επιπρόσθετα, θα πρέπει να είναι σε θέση να πραγματοποιήσουν τις αναλύσεις των παραγόμενων εργαστηριακών δεδομένων ώστε να καταλήξουν σε καλά υποστηριζόμενα και ασφαλή συμπεράσματα.

Ιστορική Αναδρομή στην Μοριακή Οικολογία (2 ώρες) - Μοριακοί δείκτες στην Οικολογία (4 ώρες) - Πληθυσμιακή γενετική/γενωμική (4 ώρες) - Φυλογεωγραφία-Φυλογεωγραφία βιοκοινοτήτων (4 ώρες) - Μοριακή και προσαρμοστική ποικιλότητα (4 ώρες) - Γενετική/γενωμική της διατήρησης (4 ώρες) - Μοριακή Οικολογία της συμπεριφοράς (2 ώρες) - Εφαρμογές της Μοριακής Οικολογίας (2 ώρες)

Δεν υπάρχουν προαπαιτούμενα μαθήματα προκειμένου ο/η φοιτητής/τρια να παρακολουθήσει το μάθημα. Ωστόσο, για την καλύτερη παρακολούθηση και κατανόηση του μαθήματος απαιτούνται καλές γνώσεις των φοιτητών στα βασικά μαθήματα: Γενετική, Εξελικτική Βιολογία,  Μοριακή Βιολογία, Οικολογία.

Η διαδικασία αξιολόγησης των φοιτητών/τριών γίνεται στην ελληνική γλώσσα (υπάρχει η δυνατότητα εξέτασης στην αγγλική για τους φοιτητές του Erasmus) και περιλαμβάνει: α) Υποχρεωτική Ομαδική Δημόσια Παρουσίαση και β) Υποχρεωτική Ομαδική Γραπτή Εργασία. Ο τελικός βαθμός αποτελεί άθροισμα της παρουσίασης (60%) και της γραπτής εργασίας (40%). Απαιτείται προβιβάσιμος βαθμός και στα δυο σκέλη της εξέτασης.